Ahogy már mondtam, a történet tovább folytatódik ott, ahol abbamaradt. A főszerepben továbbra is Misaka Mikoto tetszeleg, avagy a harmadik legerősebb esper Akadémia város területén, akit csak Railgunnak becéznek. Persze (szokás szerint) vele tartanak barátai és szobatársa: Shirai Kuroko, aki még mindig gyengéd érzelmeket táplál "Nővére iránt". Egy szóval minden a régi. Azt a tényt leszámítva, hogy a Railgunok kicsit megsokasodnak a városban. Ennek az évadnak a nagyobb része Misaka és a DNS-éből előállított klónok, azaz a "Nővérek" történetét dolgozza fel bővebb intervallumban főhősnőnk szemszögéből. Ez új információkat nyújt a történtekről és persze minket is új izgalmakban részesít, mivel elég sok új szereplőt is kapunk a történet mellé (például a 4. legerősebb esper) és persze viszont láthatjuk a képernyőn a jó öreg Acceleratort is. Ráadásként az anime kisebbik része fényt derít a klónozások mögött lévő titkokra egy új, rövidebb történetszálba kezdve.